Los asuntos de la Iglesia y el Imperio quedaron estrechamente ligados. El emperador podía hacer valer su autoridad en la Iglesia y el patriarca también podía intervenir en asuntos públicos. El modelo teórico de esta relación entre Imperio bizantino e Iglesia bizantina era aquello que los estudiosos llaman corpus christi politicum : y esto no permitía una separación de los dos poderes; bajo este aspecto se explica la posición importante del emperador en la Iglesia. Como todo fiel estaba ligado a las leyes de la Iglesia pero al mismo tiempo era vicario de Dios y defensor de la ortodoxia. Sin embargo si el poder imperial llega a ser demasiado influyente en el interior de la Iglesia, encontró oposición. La fórmula que usamos nosotros para caracterizar esta relación no corresponde exactamente a la realidad de la relación Estado-Iglesia en Bizancio. Un tal término de cesaropapismo presupone un antagonismo entre dos instituciones autónomas; mientras en Bizancio todo estaba jurídica y teológicamente unido. Estado e Iglesia eran sólo dos caras de una sola cosa y en la persona del emperador se conjugó esta unidad. Naturalmente uno piensa luego, cuáles son las semejanzas y diferencias en la relación de los othones con el papado y la Iglesia en occidente; ciertamente no son simplemente idénticas. Las relaciones de los emperadores de occidente con los papas no eran nunca tan entremezcladas, como en Bizancio con la Iglesia bizantina. Aunque generalmente hay muchas analogías, pero, hay más diferencias.
Respecto al patriarcado de Constantinopla podríamos decir que su importancia había crecido después de la pérdida de los países orientales (por el Islam) y de la no relación con la Iglesia occidental, todo esto llevó al patriarcado de Constantinopla a un mayor poder. La elección del patriarca estaba reservada desde el s. IX a los metropolitanos; el cual comprendía, desde la intervención de León III, el antiguo Ilirico : los Balcanes y el sur de Italia. Los metropolitanos reunidos en sínodo proponían tres candidatos de los que el emperador escogía uno, si no se había decidido ya por otro personaje, lo que sucedía con mucha frecuencia. Tras la elección la investidura solemne la realizaba el emperador.
Desde el siglo VIII prevalecían los monjes como candidatos electos para patriarcas, incluso en casos particulares, también se escogían laicos, que recibían todas las ordenaciones una tras otra. El ejemplo más famoso es el de Focio, que en un arco de ocho días recibió todas los órdenes sagrados. El nombramiento de un patriarca contra la voluntad del emperador era prácticamente imposible.
Con el Patriarca había un sínodo permanente llamado Sínodo Endemúsa (.que se hace en casa.), compuesto por los obispos que vivían permanentemente en Constantinopla o que se encontraban allí por casualidad ; el número de obispos era cambiante. Lo cierto es que había una tendencia, muchas veces criticada, por parte de los obispos de quedarse en la hermosa ciudad de Constantinopla, la cual ofrecía muchas posibilidades para la distracción, y suponía un alejamiento y abandono de sus diócesis en el campo. Este Sínodo ejercía un gran influjo en la elección del nuevo patriarca, incluso si un patriarca no gozaba de la confianza del emperador podía presionarlo para que abandonase el cargo. Además para ejercer sus funciones, el patriarca teóricamente estaba ligado al consentimiento del Sínodo.
El patriarca estaba en el vértice de una basta jerarquía, de la que los obispos del Sínodo eran, por así decirlo, sus representantes. Los numerosos obispados del imperio estaban reunidos en distritos metropolitanos que correspondían más o menos a las antiguas provincias del Imperio. La elección de los obispos estaba centralizada en Constantinopla, de nuevo, por medio del Sínodo Endemúsa. Este Sínodo proponía al patriarca tres candidatos, que el emperador aprobaba o vetaba, por lo que la decisión del emperador era fundamental para la elección.
Los candidatos para el episcopado debían ser célibes y, en general, eran escogidos de entre los monjes. Clérigos y obispos recibían su paga de los bienes de la iglesia catedral, recibiendo diferentes emolumentos cada uno. Había iglesias ricas y muy pobres, de ahí el deseo de pasar de una diócesis a otra entre los obispos. Los ingresos del clero bajo, sobre todo el rural, eran muy escasos, si no tenían réditos del llamado clericaton, algo semejante al beneficium de la Iglesia Occidental, siendo un fuente de ingresos independiente de las limosnas.
El nivel intelectual del clero era muy diverso. Mientras en el alto clero encontramos muchos miembros que poseían una óptima formación, incluso en disciplinas profanas, en general los simples clérigos a penas estaban capacitados para leer y escribir, cosa que también ocurría en Occidente.
Junto a la jerarquía tuvo siempre mucha importancia en la Iglesia Bizantina el monacato, que ha mantenido siempre su carácter contemplativo. El número de monjes era siempre mucho menor que en Occidente, por lo que la mayoría de los monjes eran laicos. Este monacato nunca ha querido organizarse en grupos de monasterios, lo que en Occidente se llamará congregaciones. En muchas ocasiones se opuso al emperador en diversas luchas, como por ejemplo en la lucha iconoclasta, aunque en general no se mezclaba en política. El centro más notable del monacato bizantino de este momento será el Monte Athos (Agion oros = Monte Santo) ; esta denominación le vino dada en un .crusoboullon. (bula de oro), documento típico de la dinastía Macedónica, dado por Constantino IX Monomakos en el 1046. Tenemos pocas noticias sobre el inicio del monacato en este monte. Los primeros monjes atonites vivían como eremitas. En la segunda mitad del IX aparecieron las colonias de eremitas, las llamadas lauras, pero los monjes seguían viviendo solos aunque se reunían para algunos servicios litúrgicos y se ponían bajo un padre espiritual. Esta organización no fue inventada aquí sino que fue importada de Palestina.
En otro crusoboullon de Basilio I del año 885, se reservó el Monte Athos a los ascetas, con exclusión de cualquier laico, siendo la regla que rige hasta nuestros días. A finales del IX comienza la construcción de monasterios, dándose entrada a la vida cenobítica. El verdadero fundador del monacato cenobítico es Atanasio Atonites, muerto en torno al 1000. Era amigo y confesor del general Nicéforo II Focas ; con su apoyo financiero comienza hacia el 963 la construcción del primer monasterio llamado la Gran Laura, todavía existente. Como egoumhnos (abad), Atanasio hizo también una regla influenciada no sólo por el tipo del Monasterio Studion (monacato Studita), sino también por la Regla de San Benito. Pedía una ascesis moderada y una vida de oración y trabajo, como en la Regla de San Benito. Esta regla provocó la indignación de aquellos monjes eremitas que querían continuar con su antigua tradición esicasta (vivir solos o en pequeños grupos con una ascesis rigurosa individualista.
Para evitar la lucha entre estas dos facciones de monjes el emperador Juan Tzimiskes hizo redactar un Tyrikon, probablemente encargándoselo al abad Eutimio el Studita, que se mantiene hasta nuestros días como la base de la vida monástica en el Monte Athos. El Typikon da una cierta flexibilidad a la vida monástica, teniendo la preponderancia la vida cenobítica ; también permite que se pueda vivir como eremita.
Todavía en tiempos de Atanasio aparecieron otros monasterios como el de Vatopédi, fundado en el 985. Tres monjes georgianos, contemporáneos de Atanasio, fundarán el Monasterio de Iviron (Ibhrwn) para los monjes de Georgia. Por último señalar la abadía benedictina fundada por un hermano del príncipe Pandolfo de Capua en el Monte Athos, hoy desaparecida.
A partir del XI llegaron cada vez más ascetas eslavos, de este modo el Monte se fue convirtiendo en una república monástica con 20 grandes monasterios y algunos pequeños. Ciertamente era un centro espiritual para la cristiandad bizantina, pero tuvo siempre un papa en las diversas naciones de confesión ortodoxa, no olvidando las rivalidades entre las diversas nacionalidades en el Monte Athos.
Hacemos ahora referencia a dos movimientos heréticos que llegaron a ser importantes en esa época, no sólo en la iglesia bizantina sino también en otras regiones. Los Pauliciani y los Bogomili, La crítica a la Iglesia y a las condiciones sociales; aquellas condiciones que eran apoyadas por la iglesia oficial, estaban siempre presentes en la historia bizantina. En particular era siempre criticado el contraste del mensaje bíblico, que invitaba al simple testimonio, al servicio de caridad, por un lado y la riqueza de la iglesia, el espacio de las manifestaciones eclesiásticas ; las reivindicaciones de poder de parte de la jerarquía; todo este contraste era ásperamente criticado en todos los periodos de la iglesia bizantina Esta crítica fácilmente se podía unir, también, con una crítica de la doctrina misma de la iglesia. En la cristiandad bizantina habían llegado a ser influyentes sobre todo estos dos movimientos heréticos, que no se limitaban a criticar sólo el aspecto externo de la vida eclesial, sino también la doctrina ortodoxa.
Los Pauliciani aparecen por primera vez en un sínodo armenio celebrado en Dowin (719), centro eclesiástico de Armenia (del primer medievo). Es el primer testimonio de esta secta o herejía. La secta apareció probablemente en el s. VII (algunos dicen que antes), y fuera del territorio bizantino, en Armenia. Partiendo de la Armenia menor, aquella zona del imperio bizantino a donde muchos emigraron. Se difundió luego a otras zonas, favorecida por la miseria social; querían dar una respuesta a la miseria del pueblo simple. Nuestro conocimiento sobre esto se limita en gran parte a los escritos polémicos del patriarca armeno, Juan Otzum (717.28); y a los tratados de un escritor bizantino, Petros Sikeliotes (850.879). Estas son las dos fuentes principales sobre los Pauliciani. No tenemos las fuentes auténticas de los mismos Pauliciani sino solamente fuentes de parte de los adversarios, por lo mismo es difícil evaluar exactamente las intenciones de la secta misma. En la polémica eclesiástica fueron llamados Pauliciani, porque su fundador se llamaba Paulo (o tomo este nombre), sus colaboradores tomaron los nombres de los compañeros de san Pablo, que conocemos por el N.T. No sabemos nada más de este fundador. Los polemistas bizantinos y armenos han visto en los Pauliciani un neomaniqueismo, porque en contraposición con la iglesia, sostenían una doctrina dualista, dos principios opuestos que estarían en la base de todo aquello que existe.
Sobre todo la experiencia de la injusticia, resultado de la desigualdad social, que se daba en la sociedad bizantina y que provocará la afirmación de que el mundo existente no puede venir de un creador bueno Ante el sistema feudal de la iglesia estatal, los Pauliciani querían restablecer la simplicidad social y teológica de la iglesia primitiva, retornar a la iglesia primitiva. Distinguían entre un principio malo, creador del mundo material y el buen creador del cielo y de las almas. Cristo, portador de la salvación, no podía tener un cuerpo material, sino que tenía que tener un cuerpo ficticio. Los Pauliciani rechazaban el A.T., como testimonio de la creación material. La cruz no tenía ningún sentido para ellos pues Cristo no había muerto en realidad sobre la cruz. Estas doctrinas en parte vienen de los gnósticos y en parte del maniqueísmo. Las imágenes de los sacramentos, relacionados con la materia, eran rechazadas o interpretadas de un modo espiritualista: el sacramento de la Eucaristía, significa sólo palabra de Cristo (es su cuerpo y su sangre; no las mismas especies, sólo la palabra). Sosteniendo la necesidad de una vida simple, condenaron todo tipo de poder como un mal.
A causa del programa del emperador Constantino V, Coprónimo, que conocemos como uno de los emperadores iconoclastas (es más, el más grande iconoclasta) de cambiar parte del pueblo sirio y armeno a otras regiones del imperio, los Pauliciani fueron a acabar en zonas donde no estaban antes, sobre todo en Tracia (norte de Grecia). Sin embargo no sabemos nada sobre el influjo de los Pauliciani en los asuntos de iconoclasmo del emperador (más bien se excluye). Los Pauliciani así presentes en el imperio bizantino comenzaron a florecer, sobre todo durante el tolerante gobierno del emperador Nicéforo I (802.811). Luego comenzaron las persecuciones con los emperadores siguientes. Campañas de castigos : en Anatolia (Asia menor) a mitad del siglo IX; y sobre todo por su alianza con los musulmanes, cuando los Pauliciani fueron perseguidos, se comenzaron a aliar con los enemigos. Y todo esto llevo a la secta a su declinación.
La secta de los Bogomili comenzó en una situación de crisis en el primer reino búlgaro (aquí también hay un problema social del pueblo simple y pobre). Las numerosas guerras llevadas a cabo por el zar búlgaro Simeón, habían agotado al territorio búlgaro, pero al mismo tiempo, estas guerras habían acabado las fuerzas del país. Las condiciones feudales de Bulgaria, la pobreza de la población rural; el contraste entre su miseria y la riqueza de la clase dirigente, que imitaba la vida de lujo de los ricos bizantinos y sus caprichos; todo esto junto, había provocado, bajo el zar Simeón, revueltas en Bulgaria.
En cuanto a la iglesia búlgara era un espejo de aquella sociedad, mientras el bajo clero estaba mal formado, descontento, apenas se podía distinguir de la población rural; la jerarquía se comportaba según el ejemplo bizantino, con numerosos privilegios, propiedades de tierra a menudo olvidaba sus deberes espirituales y llevaba una vida cómoda cercana a la corte. Estos son las premisas del nacimiento de los Bogomili. Esta situación social, eclesiástica en Bulgaria.
En el Tratado de Cosme el sacerdote, (972), principal fuente para el conocimiento de los Bogomili, se admite . que los simples campesinos no tienen tiempo de dedicarse a la oración, pues están muy ocupados por sobrevivir y proveer al mantenimiento de la propia familia, debiendo trabajar para los príncipes, sufrir injurias de los militares, y oprimidos siempre por los grandes.; ante lo que Cosme, sólo les recomienda que pueden orar de noche. Estas condiciones les llevaron finalmente a una insurrección a los Bogomili.
Como atestigua el mismo Cosme: un sacerdote con el nombre de Bogumil (que significa uno que ama a Dios), comenzó a predicar, provenía de un pueblo de montaña de Macedonia. La designación misma Bogomili, revela algo de la autoconciencia de la secta Bogomili: son aquellos que se consideran así mismos cercanos a Dios, que aman a Dios. Se sienten como verdaderos cristianos frente a la iglesia oficial y quieren hacer volver a la iglesia, que ha traicionado el mensaje de Cristo, a la pureza primitiva. Cosme les cambiará el nombre siguiendo su estilo polemista y los llamará Bogunemil, es decir, .los que no aman a Dios.. Al inicio del movimiento, está en el centro de su interés, el motivo ético: separarse de aquella sociedad injusta, inmoral, y de la iglesia que está mezclada en esta sociedad, para regresar al Dios verdades mediante la oración y la penitencia, en pobreza apostólica. Las directivas, además del decálogo, en particular el sermón de la montaña; los mandamientos bíblicos de la caridad, no mentir, no robar, etc., tomaban el ideal de la iglesia antigua y rechazaban todo tipo de riqueza y de poder; todo derramamiento de sangre; algunos rechazaban también la muerte de los animales para alimentarse, vivían como vegetarianos. De una manera desconocida, reconocían la igualdad de derechos para las mujeres, y no había distinción entre hombre y mujer entre ellos. Poco a poco su doctrina se mezcló con teorías dualistas, aunque es difícil establecer un nexo directo con los Pauliciani, es posible por medio de Tracia donde vivían tal vez algunos Pauliciani escondidos, y Bulgaria, que estaba cercana. Pero no sabemos nada en concreto; sin embargo en esta fase los Bogomili sostenían que el mundo había sido creado por una ángel renegado, que llamaban satanael y rechazaban, como los Pauliciani, las partes del A.T. que se refieren a la creación. Su ética rigurosa era posible vivirla sólo para una minoría; se produjo una distinción entre perfectos y otros fieles, como en el maniqueísmo.
Cuando los Bogomili se difundieron en el territorio bizantino, estas características dualistas se acentuaron. El creador llega a ser un poder opuesto a Dios, un principio malvado. La difusión de bogomilismo en el imperio bizantino aumenta después de la caída del primer reino búlgaro y la agregación de éste al imperio bizantino. Entonces los Bogomili que vivían en Bulgaria podían fácilmente entrar en el imperio bizantino y difundieron sus creencias. Iglesia y estado bizantino se vieron amenazados en igual modo y tomaron juntos los medidas, pero solo a la mitad del siglo XII, consiguieron acabar con esta secta en el imperio bizantino. Sin embargo en aquella persecución cruel de parte del poder bizantino, los Bogomili pudieron huir a Bosnia y a través de ella, entrar en Italia y Francia. Y así el bogomilismo es el padre del catarismo occidental.
En Bosnia nació finalmente una verdadera iglesia bogomila, que después de la conquista de Bosnia, de parte de los turcos (siglo XV), pasó al Islam. Los musulmanes de Bosnia son en gran parte los herederos de los Bogomili del medievo, y tal vez esto explica algo de las características del Islam bosníaco en nuestros días; puede ser que después de aquella catástrofe de Bosnia, con el influjo de otras potencias islámicas, sobre todo de Irán, fundamentalistas, el Islam bosníaco. Hasta entonces era un Islam muy moderado, no del todo ortodoxo, pues derivaba del bogomilismo y los Bogomili cuando llegaron los turcos preferían convertirse al Islam antes que llegar a ser cristianos