A través de una abertura practicada en la pared del fondo del cubículo A1 se penetra en la zona llamada de San Milcíades. La zona fue excavada en la segunda mitad del III siglo y contiene muchos cubículos y arcosolios, también a lo largo de las galerías.

La primera galería que se recorre, se presenta espaciosa. Se la recorría continuamente en el período de las visitas a los sepulcros de los mártires, ya que constituía el paso obligado de los antiguos peregrinos desde la Cripta de los Papas y la de Santa Cecilia al sepulcro del papa mártir San Cornelio en las criptas de Lucina.

En la pared de la izquierda, al comienzo de la galería, son visibles algunos símbolos: la paloma, dos monogramas, el pez, el ancla, el pajarito que va a apagar su sed en un jarro. Sobre el ángulo de la primera galería a la izquierda hay dos lápidas, que se refieren a sacerdotes: "Julianus présbyter" (Juliano, sacerdote) y "Présbyter in pace" (Sacerdote, en paz).

En seguida después de un cruce de galerías con un amplio lucernario, a la derecha en alto se discierne la sugestiva lápida del ave fénix radiada y nimbada, es decir, con rayos y aureola alrededor de la cabeza. Como hemos explicado hablando de los símbolos, para los primeros cristianos el ave fénix representaba la resurrección de la carne y el nacimiento a la nueva vida divina.

Observamos ahora el primer arcosolio, que a veces, como en este caso, está decorado. Sobre el arcosolio se ve la pequeña lápida de Irene, una niña cristiana representada como orante en la paz del cielo. Al lado tiene el símbolo por excelencia de la paz: la paloma.
 

Un poco más adelante, a la izquierda está la cripta del refrigerio, que servía para las reuniones de oración y para los ritos del refrigerio, es decir, para la conmemoración anual de los difuntos. En el interior se conserva la tapa de un sarcófago monumental y debido a la forma del techo con tejas, la cripta fue llamada, en tiempos de de Rossi, la cripta de la teja. En frente se abre el cubículo de las cuatro estaciones, que simbolizan la continuidad de la vida.

Al término de la galería, antes de la verja, encontramos dos cubículos: a la izquierda el cubículo de Aquilina, con la inscripciòn "Aquilina dormit in pace" (Aquilina duerme en paz).
A la derecha, tenemos el cubículo de Sofronia, así llamado por el nombre de la difunta repetido dos veces en la pared del fondo. Otras dos veces este nombre aparece grabado cerca de la Cripta de los Papas. Las inscripciones hacen presumir que un cristiano, profundamente impresionado por la muerte de una persona querida, quizás su mujer, había bajado a la catacumba en busca de consuelo a su dolor. Al final de la escalera escribió este deseo: "Oh, Sofronia, puedas tú vivir con los tuyos". Después escribió todavía: "Oh, Sofronia, tú vivirás en el Señor". Iluminado por la fe, al llegar a este cubículo sintió la necesidad de escribir: "Oh dulce Sofronia, tú vivirás siempre en Dios" y, abajo, "Sí, Sofronia, tú vivirás". Es un lindo testimonio de amor conyugal y de fe en la resurrección.

Después de una curva en U se entra en la galería W2. Por la derecha se encuentra el cubículo de Océano, por el nombre de la mítica personificación del mar pintado en la bóveda. Es de modestas dimensiones, decorado con franjas rojas fuertemente marcadas. Prosiguiendo se llega a la galería decumana Q1, galería principal y la más larga del cementerio, de la que parten las galerías secundarias llamadas "cárdines" (bisagras).

A pocos pasos de la escalera de salida se halla el cubículo de los sarcófagos, que están cerrados en la parte superior por losas de vidrio y que contienen unos pocos restos.