Yendo adelante, a lo largo de la galería Q1 y más allá de la escalera de salida Z, se encuentran en seguida dos importantes criptas históricas: a la derecha la cripta del papa Cayo y a la izquierda la del papa mártir San Eusebio.
 

La cripta de San Cayo
Esta cripta ocupa un lugar especial en las Catacumbas de San Calixto por sus proporciones verdaderamente excepcionales. Podía contener a más de sesenta personas. Desde su mismo origen fue proyectada tan vasta para favorecer las reuniones comunitarias. A través del amplio lucernario, situado en la galería, se aseguraban para la cripta la luz y la suficiente ventilación. La decoración es muy sobria; las paredes fueron revestidas de una simple capa de estuco blanco.

En las paredes laterales se encuentran muchos lóculos, pero solo tres en la pared del fondo. El lóculo del medio, de notables dimensiones, es la tumba principal y más importante de toda la cripta. En ella se conservan los fragmentos de la inscripción griega del papa Cayo:
 

En la cripta hallamos varias inscripciones griegas y latinas, lamentablemente casi todas fragmentarias, y también algunos grafitos. Uno de ellos dice: "Señor, ayuda a tu siervo Benjamín". En un epígrafe está escrito: "En paz el espíritu de Silvano. Amén". También el piso está lleno de tumbas. En las paredes de la cripta los grafitos llevan los nombres de tres obispos africanos, que habían venido a rezar sobre la tumba de su compatriota San Optato, probablemente sepultado en esta cripta.

La cripta de San Eusebio
Se encuentra frente a la de San Cayo. Es de forma rectangular, pero no demasiado espaciosa. Las paredes y el pavimento estaban revestidos de mármol. El lucernario es moderno: el original se abría sobre el cielo raso de la galería.

La cripta contiene tres arcosolios. En el arcosolio de la pared derecha estaba situado el sepulcro de San Eusebio. El interior estaba revestido de mármol, y el arco decorado con mosaico. Ahí se encuentra una gran losa de mármol moderna, sobre la cual está grabado el poema compuesto por el papa Dámaso en honor de San Eusebio. En el centro de la pieza sepulcral se halla una tosca copia de este poema, hecha grabar por el papa Virgilio (537 - 559) después de la devastación gótica por el papa Virgilio (537-559). En el dorso la losa contiene una dedicatoria en honor de Caracala.
 

La inscripción del papa Dámaso recuerda la bondad y la misericordia del pontífice hacia los "lapsi" (caídos, sobre entendido en el error), los apóstatas del cristianismo, es decir, aquellos que, por miedo a las persecuciones, habían renegado de la fe. Opuesta a la del pontífice era la postura de Heraclio, un exponente del clero romano, que no aceptaba el arrepentimiento de ellos. El Papa sostenía que siguiendo el ejemplo de Cristo, quien había perdonado siempre, había que ser comprensivos y perdonar a los apóstatas tras un período de adecuada penitencia.

La controversia, ya debatida bajo el pontificado del papa San Cornelio (251-253), causó enconados contrastes sobre todo en la segunda mitad del siglo III y a comienzos del IV. Se provocaron desórdenes. El emperador Majencio, a causa de los choques entre las dos facciones religiosas, hizo alejar de Roma a sus exponentes. Eusebio fue desterrado a Sicilia, donde murió de pena y penuria algún tiempo después. La Iglesia lo consideró en seguida un verdadero mártir. Su sucesor San Milcíades mandó trasladar su cuerpo a Roma y colocarlo en esta cripta que tomó su nombre.

El poema en su honor trae la dedicatoria "Dámaso obispo hizo (esta inscripción) para Eusebio, obispo y mártir". He aquí el texto de la composición:

 

El cubículo de los mártires Calócero y Partenio
Dejada la cripta de San Eusebio y pasado un cruce de galerías, encontramos la cripta de los Santos Calócero y Partenio, quizás víctimas de la persecución de Diocleciano. Sobre un trecho de revoque, a la izquierda de la entrada , llama particularmente la atención un grafito:

 

La expresión correcta sería: "Parténii Mártyris, Calóceri Mártyris".
El cubículo fue completamente restaurado ya desde los primeros siglos a causa de la toba poco consistente. El cubículo de enfrente, más grande que un cubículo ordinario de catacumba, servía como lugar de culto junto a tumbas veneradas.

Prosiguiendo el recorrido en la galería Q1, se halla un doble cubículo, al que un amplio lucernario proporciona luz suficiente. A la izquierda se encuentra

El cubículo de los cinco Santos
Fue llamado así porque en la pared del fondo estaban representadas cinco personas orantes en medio de un jardín, alegrado por el canto de los pájaros, con plantas cargadas de flores y frutos: clara imagen del paraíso. Sobre cada figura fue puesto el nombre acompañado del deseo "en paz": "Dionisia en paz - Nemesio en paz - Procopio en paz - Heliodora en paz - Zoe en paz". Se considera que la pintura fue realizada a comienzos del siglo IV.
A la derecha hay un doble cubículo, que antiguamente recibía luz de un amplio lucernario. Es

 

El cubículo del diácono Severo
Pertenecía a este eclesiástico, quien había sido autorizado a excavarlo por el papa Marcelino (296 - 304). En el vasto ambiente está grabada, sobre una cancela marmórea que cerraba un arcosolio, una inscripción métrica, una de las más importantes y sugestivas de la Roma subterránea. Los primeros versos de la inscripción hablan de la propiedad del cubículo: "Este diácono Severo, autorizado por su papa Marcelino, hizo este cubículo doble (formado por dos aposentos contiguos), con arcosolios y lucernario, como tranquila mansión de paz para él y los suyos, a fin de que por largo tiempo guarde en el sueño los dulces miembros (para Dios), creador y juez...".

La inscripción continúa con el recuerdo afectuoso del padre Severo hacia su joven hija: "Severa, dulce con sus padres y con los domésticos, entregó (su alma a Dios) siendo virgen (es decir, niña) un 25 de enero. Quiso el Señor concederle desde su nacimiento una admirable sabiduría y hermosura...".

La inscripción es importante desde el punto de vista dogmático, puesto que expresa la fe en la resurrección de los cuerpos: "El cuerpo mortal está sepultado aquí en tranquila paz hasta tanto lo haga resurgir el Señor, quien arrebató (a Severa) el alma casta, recatada y por siempre inviolable con su Santo Espíritu, y que la devolverá (al cuerpo) adornada de gloria espiritual. Vivió nueve años, once meses y quince días. Así pasó de esta vida terrenal".
La inscripción es importante también desde el punto de vista histórico, porque es el primer documento epigráfico en que el Obispo de Roma es designado con el título de "papa" (padre). Desde entonces el término fue usado como sinónimo del obispo de Roma. La palabra no está grabada por completo, sino con la sigla PP, todavía usada por los papas cuando firman.
Dejando ahora el camino maestro de la galería Q1 y volviéndonos a mano izquierda nos introducimos en la galería R2, a cuya izquierda se encuentra

 

El cubículo de las Ovejitas
El sepulcro del fondo se compone de un nicho para sarcófago, con un arco por encima. El arco y la luneta contienen una pintura del IV siglo, dañada por la apertura de un lóculo. En el centro del arcosolio está la imagen del Buen Pastor con la ovejita sobre sus hombros, rodeado del rebaño (un carnero y unas ovejas). La escena representa la imagen del Buen Pastor que lleva al difunto entre las filas de los bienaventurados. En los costados, dos hombres con túnica y palio se apresuran a beber en las dos fuentes que brotan de la roca: son dos bienaventurados que reaniman sus fuerzas en las fuentes del agua viva que es Cristo.

En la pared izquierda del nicho se halla una escena eucarística que puede calificarse como única en la pintura, mientras que es frecuente en los sarcófagos. Jesús impone las manos sobre un canasto de panes y sobre algunos peces que le son presentados por dos Apóstoles. En el suelo se ven seis canastos de pan con la cruz arriba. La pintura fue posteriormente perjudicada por la apertura de un pequeño nicho para lámparas. En la pared derecha del arcosolio está representado Moisés que se desata las sandalias. Junto a él aparece Pedro en el acto de golpear la roca para hacer manar agua. Un soldado con la espada ceñida, se acerca a la fuente y toma el agua con las dos manos. Moisés es símbolo de la antigua Ley, Pedro de la nueva. El agua de la roca es símbolo de la del bautismo; el soldado vestido como un militar romano representa a los primeros cristianos convertidos por Pedro.