Con largos intervalos, el concilio de Trento se reunió durante tres fases. La primera (1545-1548) tuvo lugar en Trento e incluyó los ocho primeros períodos de sesiones (bajo el papa Pablo III); dos períodos de sesiones (9 y 10) se celebraron en Bolonia, pero no se aprobó ningún decreto, excepto aquellos en que se decidía su aplazamiento. La segunda fase (1551-1552), de nuevo en Trento, incluyó los períodos de sesiones del 11 al 16 (bajo Julio III). La guerra entre el emperador y los protestantes hizo que tuviera que suspenderse. La tercera fase (1562-1563) fue la de los períodos de sesiones del 17 al 25 y tuvo lugar bajo Pío IV.

Nunca hubo muchos miembros en el concilio. A la última parte asistieron esporádicamente nueve cardenales, treinta y nueve patriarcas y arzobispos, doscientos treinta y seis obispos y diecisiete abades o generales de órdenes religiosas. En otros momentos la asistencia llegó a descender a cincuenta u ochenta miembros. Lo más significativo quizá era su procedencia: los alemanes, por ejemplo, nunca fueron muy numerosos, salvo en la fase final; la gran mayoría fueron siempre italianos. Los laicos también estuvieron presentes, pero de un modo ambiguo: eran los embajadores de los príncipes que vigilaban el concilio, procurando que las cosas marcharan en beneficio de sus señores. Los legados papales eran muy influyentes: eran los encargados de asegurarse de que el concilio siguiera una línea romana. Dado que la cultura teológica general de los obispos era bastante baja —la mayoría de ellos eran canonistas—, el papel de los teólogos en Trento fue fundamental.

La labor principal del concilio consistió en lo siguiente. Durante la primera fase (1545-1548) estableció los fundamentos de la vida cristiana, tales como la Escritura y la tradición, el pecado original, la justificación,los sacramentos en general, el bautismo y la confirmación. En lo tocante a las reformas publicó notables decretos sobre la predicación, la residencia de los obispos y los beneficios. Los períodos de sesiones 9 y 10, que tuvieron lugar en Bolonia, no dieron lugar a la publicación de ningún documento, pero desarrollaron discusiones útiles.

La segunda fase (1551-1552) estuvo marcada por la presencia en Trento de algunos embajadores protestantes, pero, a pesar de que estos hicieron algunas intervenciones, no hubo un verdadero diálogo. Durante este período hubo además trece obispos alemanes, el más elevado número hasta entonces. Las declaraciones doctrinales definieron enseñanzas sobre la eucaristía, el sacramento de la penitencia y el sacramento de los enfermos. Los decretos de reforma fueron débiles; se referían en su mayoría a los obispos y religiosos, a cuestiones relativas a los juicios, las ordenaciones y las concesiones de monasterios. El concilio no abordó la profunda reforma eclesial a la que tantos aspiraban entonces.

En el ínterin, el papa, Julio III, dio pasos de cara a iniciar una reforma de la curia romana, pero sus logros se consideraron inadecuados. Su sucesor, Marcelo II, fue el primer papa reformador; promovió las reformas con energía y convicción, pero murió al cabo sólo de 22 días. Lo sucedió el severo pero determinado Pablo IV (1555-1559), quien pensaba que, como un papa medieval, podía realizar las reformas personalmente, sin ayuda del concilio. Su celo era indudable, pero faltaba amplitud de horizonte en su visión de la reforma y en su forma despótica de desempeñar el pontificado; llevó a cabo algunas reformas, pero quizá su mejor servicio consistiera en prepararle el camino a su sucesor, Pío IV (1559-1565), que volvió a congregar el concilio. A partir de 1561 Pío IV promovió con rigor la reforma de la curia.

En la fase final (1562-1563) volvió a abordarse la polémica cuestión de la residencia de los obispos y otros beneficiarios. Se promulgaron textos doctrinales y cánones sobre cuestiones relativas a la eucaristía, especialmente el carácter sacrificial de la misa y la comunión bajo las dos especies. Se trató también de los sacramentos del orden y del matrimonio. El concilio se abstuvo deliberadamente de cualquier definición sobre el papado. Elaboró más decretos sobre la vida diocesana y parroquial y uno sobre la forma adecuada de celebrar la misal. En el terreno del matrimonio, además del decreto dogmático sobre la naturaleza sacramental del matrimonio, su indisolubilidad y el derecho de la Iglesia a establecer impedimentos, hubo el famoso Tametsi, que determinaba que la validez del matrimonio dependía de la forma tridentina, que requería que el matrimonio tuviera lugar delante del párroco legítimo y al menos dos testigos. Se aprobaron también decretos de reforma sobre el matrimonio. Al final se aprobaron también textos dogmáticos sobre el purgatorio, sobre la veneración de los santos, las reliquias y las imágenes, y sobre las indulgencias. Se añadieron, como decretos de reforma, penas por el incumplimiento de la residencia por parte de los obispos. Se hizo una llamada a la cuidadosa elección de los que habían de ser clérigos y se pidió el establecimiento de seminarios para la formación de los sacerdotes. El decreto sobre el matrimonio exigía además que los sacerdotes llevaran un registro de bautismos y matrimonios. Los decretos de refórma establecieron también normas para el nombramiento de los obispos, los procedimientos canónicos para la obtención de la información para los casos judiciales, los sínodos, las visitas episcopales y los nombramientos de párrocos. Otras materias tratadas fueron relativas a los cardenales, la reforma del misal y el breviario y el catecismo para los párrocos.

Al final del último período de sesiones, el 25, se leyeron los decretos de todos los períodos de sesiones anteriores, desde 1545, y se firmaron, dando así unidad a la labor del prolongado concilio. El concilio solicitó la confirmación de su labor por parte del papa Pío IV, quien lo aprobó el 30 de junio de 1564 (con fecha del 26 de enero).

H. Jedin resume los trabajos de Trento en dos logros principales: definió el depósito católico de la fe frente a los errores vigentes e inició una reforma católica, no en el sentido medieval de «la cabeza y los miembros», sino tratando de eliminar los peores abusos existentes en las diócesis y las parroquias.

El 16 de abril de 1564 se promulgó un breve resumen de los resultados dogmáticos del concilio y se hizo obligatorio para los obispos, los superiores religiosos y los teólogos.

No debemos identificar la Contrarreforma, o la Reforma católica, con Trento. Trento fue un factor importante, y en muchos sentidos marcó las directrices. Pero la reforma se había iniciado antes de Trento, por ejemplo con san >Ignacio de Loyola, y surgió carismáticamente después del concilio en distintos modos. A nivel institucional, san Pío V (1566-1572) puso en marcha la aplicación del concilio con energía. Un fruto temprano del concilio fue el llamado Catecismo romano (1566; >Catequesis): habría de ser el medio principal por el que los católicos llegaron a conocer la enseñanza ortodoxa de la Iglesia, en particular tal como la había expuesto Trento. El breviario revisado apareció en 1568, y el misal revisado en 1570. La revisión de la Vulgata apareció en 1592.

Y. Congar atribuye a G. Alberigo la acuñación de la palabra «tridentinismo», que supone una interpretación más bien negativa, algo unilateral, del período que va desde Trento hasta la víspera del Vaticano II, durante el cual se convertirá en normativa para la vida de la Iglesia la versión romana de Trento: se quiere hacer de Roma el centro absoluto y exclusivo de la Iglesia, en lugar de centrarla también en la Iglesia local; se exalta el papado a expensas del episcopado y se establece el predominio de los clérigos sobre los laicos; se desplaza el derecho canónico medieval, convirtiéndose Roma en la única fuente de legislación y en el gobierno de hecho de la Iglesia; se impone una eclesiología estática; se pierde de vista la necesidad de la Escritura, porque, aunque en el cuarto período de sesiones es alabada, la Biblia tiende a perder terreno dentro de la vida cristiana; la eucaristía se convierte cada vez más en centro de la piedad personal, a pesar de que el concilio había insistido en el carácter sacrificial de la misa; se produjo un incremento de la piedad, favorecida por el gran número de indulgencias, pero divorciada de la liturgia; se trataba, en definitiva, de un sistema completo que afectaba a todos los aspectos de la vida social y eclesial. No obstante, el juicio del tridentinismo ha de ser moderado, reconociendo que la reforma de la Iglesia probablemente no hubiera podido llevarse a cabo sin esta centralización. Ya >Gregorio VII se había dado cuenta de que la reforma había de venir de lo alto. Por otro lado, aun cuando la evaluación del «tridentinismo» sea válida, no se hace justicia a los muchos elementos positivos que ha habido en la Iglesia entre los siglos XVI y XX.