Las relaciones entre el papado y el imperio fueron muy tensas desde el tiempo de la coronación de Federico II en 1220. Honorio III (1216-1227) y el emperador entraron en conflicto por una promesa de emprender una cruzada. Más tarde Gregorio IX (1227-1241) se opuso a los intentos hegemónicos del emperador, especialmente en Italia. En 1240 Gregorio trató de convocar un concilio, pero el emperador lo impidió. Su sucesor, Inocencio IV (1243-1254), escapó a Lyon y convocó un concilio que se reunió en esta ciudad en 1245. Sería considerado como el decimotercer concilio ecuménico. Su objetivo es patente en la alocución inaugural de Inocencio, en la que describe las cinco llagas de la Iglesia: el estado de corrupción de la fe y las costumbres; la conquista de Jerusalén y la situación en Tierra Santa; el cisma de Oriente; la amenaza de los mongoles o tártaros, y el conflicto con el emperador Federico. Era esto último lo más importante en la mente del papa y aparece en todas y cada una de las sesiones del concilio.

A pesar de ser hábilmente defendido por su representante, Tadeo de Suessa, que entre otras cosas atacó la ecumenicidad del concilio, el emperador Federico no escapó a la condena. Convicto de cuatro delitos —perjurio, ruptura de la paz, sacrilegio por encarcelamiento de prelados y sospecha de herejía—, fue depuesto como emperador romano y rey de Alemania y Sicilia; fue despojado de todos los honores y sus súbditos quedaron dispensados del juramento de fidelidad. Se trataba de una aplicación del >Dictatus papae de Gregorio VII: la potestad para deponer a un emperador (prop. 12); la facultad para dispensar al pueblo del juramento de fidelidad a un príncipe injusto (prop. 27).

La historia textual de las constituciones conciliares es compleja y no enteramente aclarada en todos sus puntos. Se publicaron constituciones sobre algunos puntos legales: rescriptos (cánones 1-3), elecciones y procesos judiciales (cánones 4-17), homicidio y empleo de los asesinos (canon 18), excomuniones (cánones 19-22). Fueron enviadas a las universidades en agosto de 1245, tras la sesión final del concilio (17 de julio). Al año siguiente se publicó otra serie de constituciones. Parecen ser las que tratan de la usura (II/1), la ayuda al imperio de Constantinopla (II/2-3), los tártaros (II/4) y la cruzada (II/5).

Los frutos del concilio fueron irregulares. Federico continuó su lucha contra el papado hasta que murió en 1250; la línea masculina de la dinastía Hohenstaufen se extinguió en 1268. La mayoría de las constituciones asociadas al concilio fueron incorporadas en 1298 a la colección canónica Liber sextus, para ser luego comentadas en las escuelas de derecho canónico. Pero el concilio, a diferencia de los otros concilios papales de la Edad media, no promulgó ningún canon relativo a las herejías o a la reforma de la Iglesia. El ímpetu del movimiento de la reforma gregoriana (>Gregorio VII) parecía por entonces haberse atenuado.