La excomunión tiene una historia larga y compleja. Mt 18,17 confiere cierta potestad para expulsar a una persona de la comunidad cristiana. En Corinto encontramos a Pablo excluyendo a un pecador de la comunidad por un pecado de incesto (1Cor 5,1-13). Actúa así para preservar la santidad de la comunidad y evitar ofender al Espíritu Santo, que mora en la comunidad como en un >templo. Es también una manera de facilitar la conversión del pecador y su retorno a la comunidad.

En la época patrística primitiva la excomunión práctica o exclusión de las actividades, y especialmente de la vida litúrgica de la comunidad, seguía a un pecado público grave. El término mismo de «excomunión» aparece por primera vez en el siglo IV. Antes de entonces vemos ya a papas y obispos negando la comunión a aquellos cuya fe o praxis eran consideradas desviadas. Así el papa Esteban I (254-257) niega la comunión a los delegados africanos que vienen a él con la intención de que apruebe el rebautismo de los herejes, y extiende esta negativa a todo el que comparta sus opiniones.

En los primeros concilios la declaración de anatema (>Herejía) era en muchos sentidos una excomunión. Pero el término «excomunión» se usó comúnmente para designar distintos tipos de penas eclesiásticas. La excomunión no era sólo un acto dirigido contra una persona. Las Iglesias se excomulgaban unas a otras, a veces en la persona de su obispo. Los concilios anatematizaban a los herejes. Las excomuniones más serias de la Edad media fueron sin duda los anatemas que se lanzaron mutuamente la Iglesia oriental y la occidental en el siglo XI. Las circunstancias exactas y la significación de las mismas sólo se clarificaron durante el Vaticano II. Pablo VI y el patriarca Atenágoras se las levantaron el 7 de diciembre de 1965.

La historia primitiva de la excomunión está también estrechamente vinculada a la historia del sacramento de la >reconciliación y no siempre puede distinguirse fácilmente de esta. Las personas que cometían un pecado grave se veían sometidas a una excomunión litúrgica que los consignaba al rango de los penitentes. No podían tomar parte en la eucaristía hasta que no se hubieran reconciliado. Al relajarse la antigua disciplina penitencial hacia el siglo VII, surge una disciplina de la excomunión para las ofensas graves, pero que no se aplicaba a los pecadores arrepentidos, sino a los impenitentes y a los que se mostraban contumaces.

En la Edad media la excomunión iba acompañada de una teoría y práctica detalladas. Inocencio III, que fue papa y canonista, introdujo alguna precisión al distinguir entre excomunión, entredicho y suspensión. En el I concilio de Lyon (1245) Inocencio IV describió la naturaleza de la excomunión como medicinal, idea repetida por Trento y que reclamaba el restablecimiento y la absolución antes del levantamiento del anatema. La ley de entonces distinguía entre una excomunión mayor, que separaba de la Iglesia, y una menor, que sólo excluía de los sacramentos. Se insistía también en que ningún obispo podía recibir a una persona excomulgada por otro. En la Edad media las excomuniones, incluso pronunciadas por prelados menores, fueron frecuentes y dieron lugar a abusos. El Lateranense III y el IV establecieron determinados procedimientos y controles en materia de penas. Trento buscó mayor discreción en lo referente a ellas, recomendación que hizo propia también el Código de Derecho canónico de 1917.

Desde la Edad media estaba prohibido todo intercambio religioso, e incluso profano, con una persona excomulgada, so pena de incurrir en la misma excomunión. Con el tiempo esta cuestión se aclaró, de modo que sólo ciertas clases de excomulgados hubieran de ser evitados (vitandi). Este es el origen de la distinción entre vitandi y tolerati, que fue modificada pero se mantuvo en el Código de 1917, el cual especifica, sin embargo, que un vitandus ha de ser expresamente declarado tal por la Santa Sede (CIC 2258 § 2).

Por lo demás, desde la Edad media hasta el Código de 1917 hubo pocos cambios en la teoría y la práctica de la excomunión. Había en este Código una elaborada serie de excomuniones de variada severidad, indicada por el tipo de reserva, es decir, por la persona o institución que podía levantar laexcomunión; estaban las muy especialmente reservadas, especialmente reservadas o simplemente reservadas a la Santa Sede; las reservadas a los obispos, y las no reservadas (CIC 2314-2392)., El Código de 1917 distinguía también entre excomuniones automáticas (latae sententiae), en las que se incurría por la misma realización del acto penalizado, y las excomuniones por sentencia (ferendae sententiae), que sólo eran operativas al pronunciarlas la autoridad competente. El Código de 1983 no define las penas, sino que se limita a exponer su aplicación y sus efectos. Los efectos generales de la excomunión se describen del siguiente modo: «Se prohíbe al excomulgado: 1) tener cualquier participación ministerial en la celebración del sacrificio eucarístico en cualesquiera otras ceremonias de culto; 2) celebrar los sacramentos o sacramentales, y recibir los sacramentos; 3) desempeñar oficios, ministerios o cargos eclesiásticos, o realizar actos de régimen» (CIC 1331) El nuevo Código renuncia a la imposición de una excomunión vitandus. En el P sínodo de 1967 los obispos buscaron la reducción de los casos de excomunión automática (latae sententiae). En el Código de 1983 se reducen a siete. Cinco están reservados a la Santa Sede: la violación de las especies eucarísticas (CIC 1367); la agresión física al papa (CIC 1370 § 1); la absolución de un sacerdote a su cómplice en un pecado sexual (CIC 1378 § 1); la consagración episcopal sin autorización (CIC 1382); la violación directa del secreto de confesión por un sacerdote (CIC 1388 § 1). Los no reservados son la apostasía, herejía o cisma (CIC 1364 § 1) y la procuración del aborto (CIC 1398). Hay otros delitos que pueden desembocar en excomunión una vez que se haya pronunciado sentencia (ferendae sententiae). La reducción de las excomuniones refleja una revisión drástica de las leyes penales de la Iglesia. El Código de 1983 ha reducido a 89 los 220 cánones de penas del Código de 1917; el número mismo de las penas se ha reducido de 101 (CIC 2314-2414) a 35 (CIC 1364-1398).

La imposición de penas eclesiásticas tiene siempre una finalidad salvífica: el bien de la comunidad y la conversión del ofensor. La imposición de penas ha de tenerse en cuenta como último recurso. Se ha dicho que la excomunión no debe considerarse en términos penales, sino sólo como un acto salvífico en beneficio del individuo y de la comunidad eclesial. Pero este punto es controvertido. Por lo demás, la excomunión se trata en la parte del Código dedicada a las sanciones (libro VI).

El Código de 1983 no da una definición de la excomunión. Pero puede deducirse una del examen detenido de la ley; así A. Borras escribe: «La excomunión es una sanción penal del derecho eclesiástico positivo, con una finalidad específicamente medicinal; se establece para hacer frente a delitos muy graves; sus indivisibles efectos consisten en una prohibición de ejercer ciertos derechos y deberes de acuerdo con las disposiciones del Código (cc. 1331, 171 § 1, n. 3, 316, 915, 996 § 1 y 1109), hasta tal punto que constituyen una exclusión (casi) total de los bienes espirituales de la Iglesia». La excomunión, por tanto, no excluye de la pertenencia a la Iglesia, ya que los vínculos externosde la comunión pueden permanecer intactos (CIC 205). Dado que supone un pecado grave (CIC 1321), la comunión con la Iglesia deja de ser plena (>Pertenencia a la Iglesia), ya que faltaría la gracia, que es la condición interna necesaria para la plena comunión (LG 14).

La excomunión está referida a delitos externos; es un acto jurídico externo de la Iglesia. No significa necesariamente que el infractor esté privado de la gracia de Dios. En teoría al menos, una persona excomulgada puede estar actuando de buena fe, aun cuando esté legalmente excluida de determinados aspectos de la vida de la Iglesia.

Las excomuniones puede levantarlas la autoridad competente, por lo general la Santa Sede o el obispo local, según a quien esté reservada. Los infractores acuden normalmente en primer lugar para la remisión de la censura al sacramento de la reconciliación, aunque generalmente es menester recurrir luego a la autoridad que corresponda (CIC 1354-1358).