Alegando que la representación occidental era inadecuada, el papa se negó a asistir. En una carta fechada el 14 de mayo del 553, la Primera constitución, el papa, apoyado por 16 obispos, la mayoría de ellos de Occidente, condenó 60 proposiciones de Teodoro, pero sin condenarlo a él personalmente, ni condenar tampoco a Teodoreto ni a Ibas; quería evitar cualquier apariencia de que rechazaba Calcedonia. El concilio no obstante condenó los Tres capítulos en su 8^a sesión (2 de junio del 553) en un largo juicio seguido de 14 anatemas.

El emperador trató luego de intimidar al papa y, al cabo de seis meses, consiguió quebrantar su ánimo. En diciembre Vigilio le escribió a Eutiquio, el nuevo patriarca de Constantinopla y, recordando las Retractaciones de Agustín, revocó su anterior defensa de los Tres capítulos, afirmando que debían ser condenados. Pero esto no satisfizo al emperador, que reclamó y obtuvo del papa la aprobación del concilio con la Segunda constitución de febrero del 554. A esto siguió un cisma en Occidente. La >recepción del concilio habría de ser por ello lenta en esta área.

En el concilio no se debatió la disciplina de la Iglesia ni se proclamó ningún canon. No está claro qué posiciones origenistas, si es que las hubo, fueron condenadas de hecho por el concilio.

Después del segundo concilio de Constantinopla (>Constantinopla II) los monofisitas se separaron de la unidad de la Iglesia y del dominio del Imperio. A partir del 628 el emperador Heraclio (610-641) solicitó de Sergio, el patriarca de Constantinopla, una fórmula que sirviera para unir a todo el mundo grecorromano. Propuso la idea, con la que estuvo de acuerdo el papa >Honorio (625-638), de que en Cristo había una única operación (energeia: monoenergetismo); yendo más lejos, el papa habló de una voluntad (thelésis) en Cristo (monotelismo). Heraclio impuso esta última visión en el Imperio por medio del edicto Ecthesis («Exposición») el 636. >Máximo el Confesor (ca. 580-662) fue el principal teólogo que atacó esta innovación. Varios sínodos en el siglo VII condenaron el monotelismo, incluido el sínodo local Laterano de Roma (649) y el sínodo Romano celebrado bajo el papa Agatón (678-681) el 680. El emperador Constantino IV (668-685) convocó el que había de ser el sexto concilio ecuménico, Constantinopla III (680-681). En su 8^a sesión, este aceptó la doctrina del papa Agatón, y en la sesión 17^a condenó el monotelismo en un decreto firmado por 174 padres conciliares. Honorio fue censurado expresamente.

El concilio no promulgó ningún decreto disciplinar; esto se haría en el concilio >Trullano. El papa León II, sucesor de Agatón, aprobó las decisiones del concilio el 682.