En la terminología doméstica latina, el coenaculum es un salón en el piso superior de la casa romana, destinado a comidas y reuniones familiares íntimas, a diferencia del triclinium, que se encuentra en la planta baja y es el comedor oficial de la casa empleado para las fiestas y cenas de los invitados. El evangelio sólo utiliza dos veces esta expresión, bajo la forma griega «sala superior» (anagaion), para referirse a la sala donde tuvo lugar en Jerusalén la última Cena (Mc 14, 15; Lc 22, 12). También en los Hechos, los apóstoles, tras la ascensión, se hallaban reunidos en una sala del «piso alto» (yperoon) (Hech 1,13). De suyo, la alusión al cenáculo en ambos pasajes no tiene por qué referirse a la misma casa, puesto que en Jerusalén muchas casas acomodadas tendrían su cenáculo, y en las excavaciones arqueológicos se ha puesto de manifiesto en casas del siglo 1 la existencia de una escalera para subir al piso superior. Más aún, la lectura atenta de los evangelios da a entender que existe el interés expreso de dejar en el anonimato el lugar y el dueño de la casa escogida por Jesús para la cena (Mt 26, 18; Mc 14, 13-16; Lc 22, 9-13), mientras que la casa o más bien casas (Hch 2, 46), donde se reunían los discípulos, no aparecen selladas con tal misterio, pese a que la mayoría de las veces no se dice quienes eran sus dueños, salvo en una en que se habla de María, la madre de Juan Marcos (Hch 12, 12). La tradición jerosolimitana siguió manteniendo en el anonimato el lugar de la última Cena, hasta bien entrado el siglo V, cuando dicho cenáculo pasó a identificarse con el cenáculo en que se reunieron los apóstoles para recibir el Espíritu Santo. Hasta entonces, este último lugar fue una iglesia conocida, al parecer, con el nombre de «Pequeña Iglesia de Dios», tal y como la cita Epifanio de Salamis refiriéndose a su existencia ya en el año 130 d. C. La prohibición para los judíos de entrar en la Aelia Capitolina afectó también a los cristiano-judíos y permitió en su momento la presencia en la ciudad de una comunidad étnico-cristiana, es decir, proveniente del paganismo. Cuando en el siglo IV ésta fue recuperando los antiguos lugares santos, como el Santo Sepulcro, no pudo tener acceso a la vieja iglesia de que hablamos, que debió permanecer en manos de la comunidad judeo-cristiana, ya que el obispo Cirilo de Jerusalén no la cita entre las grandes basílicas constantinianas, como la Eleona del Monte de los Olivos, la de la Natividad en Belén y la propia basílica del Santo Sepulcro y, en cambio, el «Peregrino de Burdeos» en el 333 la llama «sinagoga», como los judeo-cristianos solían denominar a sus iglesias. Esta situación iba ya a desaparecer en el siglo V cuando la iglesia, al parecer ya dependiente del obispo jerosolimitano, se llamó la «Santa Sión, madre de todas las iglesias». Más tarde sufrió los efectos de dos grandes incendios, uno cuando la invasión de los persas en el 614, y el otro más tarde en el 965.

La iglesia de que hablamos coincide con el edificio venerado como cenáculo en el impropiamente llamado Monte Sión, en la colina suroeste de Jerusalén, fuera ya del actual recinto amurallado. Dicho edificio tiene dos alturas. En la parte inferior se encuentra una sinagoga con la pretendida tumba de David, en poder de los judíos desde el siglo XVI. En la parte superior está la iglesia del Cenáculo, cuya estructura actual de estilo gótico data del siglo XIV. Los sondeos arqueológicos realizados en el piso inferior dan restos de las distintas iglesias a través del tiempo y se remontan en su cronología hasta el siglo II d. C.